К половым органам кобылы относятся яичники, яйцепроводы, матка, влагалище, мочеполовое преддверие и наружные половые органы.

Яичники – ovarium- парный бобовидной или неправильной овальной формы орган, в котором развиваются и созревают женские половые клетки и, кроме того, выделяются половые гормоны. При этом правый яичник подвешен под 3-4, а левый под 4-5 поясничным позвонками. Диаметр яичников у кобыл, в зависимости от фазы полового цикла (от количества и величины созревающих фолликулов) колеблется от 2 до 15см. У яичника имеется два конца, один трубный к которому прикрепляется воронка яйцепровода и маточный представленный связкой яичника, соединяющей яичник с рогом матки. Яичник с поверхности покрыт зачатковым эпителием, под которым располагается фолликулярная зона, а в центре его со стороны брыжеечного края находится сосудистая зона.

Фолликулы –folliculi ovarii vesiculosi – в зависимости от стадии их развития имеют различные размеры. Самый крупный фолликул называют – граафовым пузырьком и состоит из наружной оболочки и слоя фолликулярного эпителия; в полости фолликула содержится яйцеклетка и фолликулярная жидкость. В фолликулах яйцеклетки развиваются и проходят все свои стадии роста. После созревания яйцеклетки стенка граафова пузырька лопается, фолликулярная жидкость изливается, а вместе с ней из яичника выходит и яйцеклетка. Весь этот процесс специалисты называют –овуляцией-ovulatio. В яичнике на месте лопнувшего граафова пузыря за счет эпителиального эпителия, кровеносных элементов развивается желтое тело –corpus luteum- новая железа внутренней секреции. Желтое тело своего максимального развития достигает во время беременности. Если беременность у кобылы не наступает, а также после родов желтое тело рассасывается.